O Ναός, μας είναι αφιερωμένος στον Άγιο Σπυρίδωνα, Επίσκοπο Τριμυθούντος τον Θαυματουργό. Φέρει τον τίτλο «Άγιος Σπυρίδων Σταδίου ή Παγκρατίου», επειδή βρίσκεται κοντά στο καλλιμάρμαρο Στάδιο και στην περιοχή του Παγκρατίου. Σε παλαιά έγγραφα αναφέρεται ως «Άγιος Σπυρίδων Βατραχονησίου», διότι αυτό ήταν το όνομα της περιοχής μέχρι τις πρώτες δεκαετίες του 20ου αιώνα.
Ο Ναός θεμελιώθηκε, σύμφωνα με την τοποθετημένη στα προπύλαιά του, μαρμάρινη κτητορική επιγραφή, την 9η Μαρτίου 1903, στην ίδια θέση όπου προϋπήρχε μικρό
ομώνυμο Ναΐδιο στο όνομα του Αγίου.
Τα πρώτα σχέδια του Ναού ανήκουν στον περίφημο αρχιτέκτονα Ερνέστο Τσίλλερ, στή συνέχεια όμως τροποποιήθηκαν. Η σημερινή μορφή του Ναού φέρει την σφραγίδα του υδραίου αρχιτέκτονα-μηχανικού Σάββα Μπούκη. Είναι Βυζαντινού ρυθμού σταυροειδής μετά τρούλλου και καλύπτει επιφάνεια 461,55 τ.μ. Τo υψηλότερο σημείο του τρούλλου του απέχει από το δάπεδο του Ναού 25 μέτρα.
Ο Ιερός Ναός Αγίου Σπυρίδωνος καταγράφεται ως αναγνωρισμένη Ενορία Βατραχονησίου μεταξύ των πρώτων Ναών της πόλεως των Αθηνών, στο Διάταγμα του
Βασιλέως Γεωργίου Α΄, της 16.4.1912, με αύξοντα αριθμό 3. Λειτουργούσε όμως ως ενορία, σύμφωνα και με τις διασωζόμενες μαρτυρίες στα Αρχεία του Ναού, ήδη μερικές δεκαετίας πριν.
